原文連結：Bottled bacteria results - main thread
前陣子看到國外魚友Telegraham在Humble fish論壇po的一系列市售菌種菌相測試結果覺得挺有趣的就上來分享一下。
他用的方式是將菌種產品用AquaBiomics公司的檢測kit採樣送檢，再透過次世代定序針對樣本中的16S rRNA序列(這段序列常被用在原核生物的鑑別)來分析裡頭的菌種組成，而kit中也有附固定液來殺死細菌保留核酸並避免運輸過程中長其他東西。
這事我其實之前也有想自己試試，不過次世代定序實在不便宜再加上我也暫且沒啥時間處理樣本抽DNA所以就一直拖著沒搞。
這邊稍微抓幾個我覺得比較有趣的結果出來：
1. KZ Zeobak
由上到下分別是占比高到低的不同菌種(這邊是64.374%~1.295%)
這個測試結果算是裡頭比較多人討論的，因為這些菌種幾乎都不是常出現在海水裡的東西，反倒很多菌是比較常見於人類皮膚或土壤裡的
首先是佔比最高的不知名Stenotrophomonas。
這個屬的細菌比較常在土壤、植物等地方被發現，不過也有少部分能適應海水的菌株甚至是人類致病菌株。
我沒有很確定他們放這東西要幹嘛(如果真的是刻意放的)，因為也沒有什麼文獻有提到他們跟海洋生物或是水產養殖有什麼關系，只有一個種Stenotrophomonas nitritireducens是已知有一些菌株能還原NO2為N2O(但不會動NO3)。
第二多的Steptococcus pneumoniae就是大名鼎鼎的肺炎鏈球菌。
並不是所有的肺炎鏈球菌菌株都會致病，他們其實也是很常見於人類皮膚的東西，但這顯然不會是一款正常水族菌種裡該出現這麼高比例的東西。
污染的可能性很高，不過如果採樣者是照著檢測kit說明操作而沒有直接拿採樣棒抹自己皮膚的話採樣環節污染的機率倒是不高(kit內是有固定液殺菌的)，所以大概率是瓶子內早就被污染了。
Lysinibacillus的兩個菌株基本上是會出現在土壤或是糞便裡的東西，所以也不知道為啥這裡有。
值得一提的是L. sphaericus的一些菌株是可以拿來作為生物性殺蟲劑的，只是就和水生生物沒啥關係了。
最後則是Staphylococcus aureus金黃色葡萄球菌，這個顯然也是污染。
2. Prodibio Bio digest
這個檢測結果應該是裡頭多樣性最高的，不過這點是好是壞就很難說了。
因為東西實在太多而且比例又都不高所以我就不一一介紹了，只挑幾種稍微講一下。
Desulfuromonas這個屬有許多菌株可以進行硫還原(產物常為硫化氫)，主要為淡水缺氧水域的菌，不過也有少部分能生存於海水。
D. soudanensis也已知有菌株能進行鐵的還原，且帶有有固氮和硝酸鹽還原的基因。
Penicillium digitatum就是青黴菌，讓你水果發霉的常常就是他們，而這樣本裡頭的大概也是來自於污染。
Methanobrevibacter arboriphilus是厭氧的古菌，有些菌株曾被在污水中發現。同屬的其他菌株也是常會在動物消化道內的甲烷生成古菌。
Acanthamoeba這東西其實是環境中常見的變形蟲，有些物種可能導致角膜炎甚至腦炎，大概也是掉進去的污染。
Zobellella denitrificans確實最初就是從海洋環境(紅樹林)中分離的菌種，除了如名稱所述具脫氮能力外也有菌株能產生抗菌物質PHB因此也可能有抗病原能力。
Bacillus subtilis就是大家熟悉的枯草桿菌，也是最被了解的革蘭氏陽性菌。這個物種分布很廣，從海洋到人類腸胃道都有，也有很多菌株被運用在水產養殖。
結論來說我是認為絕大多數的東西應該一樣不是廠商有意放入的，所以要嘛是污染要嘛就是一開始培養的時候就是直接在那邊煮大鍋飯。
3. Brightwell MB7 & Dr. Tim's Eco-Balance
MB7
Eco-balance
這兩款的共同點都是三種的Bacillus，而這三個物種都有菌株被運用在包含水產養殖在內益生菌用途上也相當容易商品化，因此他們確實可能是廠商的培養目標。
MB7中的OM43 clade Methylophilaceae確實有已知的海洋菌株，而這類群的細菌特點為他們運用一些單一碳原子有機化合物的能力。
Chaetoceros是角毛藻，我也不曉得這東西怎麼進來的，有可能是其他產品線甚至是缸水的污染。
Ruegeria也主要為海洋菌種，亦有菌株被發現存在於珊瑚共生微生物群中且有抑制一些病原的能力。
Eco-balance中的Serratia marcescens就是個比較尷尬的東西了。這種菌有許多已知的人類致病菌株，還有一些能造成珊瑚疾病，所以實在不是應該出現的東西。
Telegraham原本覺得第一次測到的時候覺得可能是自己用的時候污染，不過這次新買的再測還是有代表可能在生產過程就進去了。
4. KZ Cyano Clean
Lysinibacillus sphaericus又再次出現了，而且在這裡比例還相當高，不過我仍然想不太到什麼有理由把這東西放入產品內。
Rhodopseudomonas就是一般我們常叫的光合菌，有許多菌株都被運用在水產養殖或農業，也有已知的珊瑚共生菌株，所以這個我是覺得比較可能是刻意養的東西。
至於剩下四種則全都是人體或環境常見的東西，所以大概率也是污染。
個人看法：
1. 無論裡頭原本放入什麼菌，這些菌種產品本來就是營養豐富的基質了，因此就算廠商端沒污染，隨著你開開關關也有很高概率在過期前裡面就被狸貓換太子了。如果運氣好也許只是產品失效，運氣差可能直接養出病原菌，所以平時用這些東西時最好還是記得洗手然後盡量讓它們遠離食物或小孩。
2. 一個常規的穩定海水缸中絕大多數的菌種根本無法被人工分離培養，所以你在這些產品中也很少看到海水缸中的那些主要菌群。也因此我並不認為有辦法單靠市面上任何菌種產品就建立起穩定系統的菌相，絕大多數的微生物來源還是得靠活石、舊濾材、或生物等來帶入。
3. 這些測試結果也只是單一一瓶，而實際狀況下各種污染以及瓶內微生物增長的情形也有可能導致同一個產品但每個人買到的裡面根本都已經不是一樣的東西了。這也可能進一步造成產品的兩極評價，有些人認為效果正面；有些沒感覺；有些則可能加了後就倒缸了。
前陣子看到國外魚友Telegraham在Humble fish論壇po的一系列市售菌種菌相測試結果覺得挺有趣的就上來分享一下。
他用的方式是將菌種產品用AquaBiomics公司的檢測kit採樣送檢，再透過次世代定序針對樣本中的16S rRNA序列(這段序列常被用在原核生物的鑑別)來分析裡頭的菌種組成，而kit中也有附固定液來殺死細菌保留核酸並避免運輸過程中長其他東西。
這事我其實之前也有想自己試試，不過次世代定序實在不便宜再加上我也暫且沒啥時間處理樣本抽DNA所以就一直拖著沒搞。
這邊稍微抓幾個我覺得比較有趣的結果出來：
1. KZ Zeobak
由上到下分別是占比高到低的不同菌種(這邊是64.374%~1.295%)
這個測試結果算是裡頭比較多人討論的，因為這些菌種幾乎都不是常出現在海水裡的東西，反倒很多菌是比較常見於人類皮膚或土壤裡的
首先是佔比最高的不知名Stenotrophomonas。
這個屬的細菌比較常在土壤、植物等地方被發現，不過也有少部分能適應海水的菌株甚至是人類致病菌株。
我沒有很確定他們放這東西要幹嘛(如果真的是刻意放的)，因為也沒有什麼文獻有提到他們跟海洋生物或是水產養殖有什麼關系，只有一個種Stenotrophomonas nitritireducens是已知有一些菌株能還原NO2為N2O(但不會動NO3)。
第二多的Steptococcus pneumoniae就是大名鼎鼎的肺炎鏈球菌。
並不是所有的肺炎鏈球菌菌株都會致病，他們其實也是很常見於人類皮膚的東西，但這顯然不會是一款正常水族菌種裡該出現這麼高比例的東西。
污染的可能性很高，不過如果採樣者是照著檢測kit說明操作而沒有直接拿採樣棒抹自己皮膚的話採樣環節污染的機率倒是不高(kit內是有固定液殺菌的)，所以大概率是瓶子內早就被污染了。
Lysinibacillus的兩個菌株基本上是會出現在土壤或是糞便裡的東西，所以也不知道為啥這裡有。
值得一提的是L. sphaericus的一些菌株是可以拿來作為生物性殺蟲劑的，只是就和水生生物沒啥關係了。
最後則是Staphylococcus aureus金黃色葡萄球菌，這個顯然也是污染。
2. Prodibio Bio digest
這個檢測結果應該是裡頭多樣性最高的，不過這點是好是壞就很難說了。
因為東西實在太多而且比例又都不高所以我就不一一介紹了，只挑幾種稍微講一下。
Desulfuromonas這個屬有許多菌株可以進行硫還原(產物常為硫化氫)，主要為淡水缺氧水域的菌，不過也有少部分能生存於海水。
D. soudanensis也已知有菌株能進行鐵的還原，且帶有有固氮和硝酸鹽還原的基因。
Penicillium digitatum就是青黴菌，讓你水果發霉的常常就是他們，而這樣本裡頭的大概也是來自於污染。
Methanobrevibacter arboriphilus是厭氧的古菌，有些菌株曾被在污水中發現。同屬的其他菌株也是常會在動物消化道內的甲烷生成古菌。
Acanthamoeba這東西其實是環境中常見的變形蟲，有些物種可能導致角膜炎甚至腦炎，大概也是掉進去的污染。
Zobellella denitrificans確實最初就是從海洋環境(紅樹林)中分離的菌種，除了如名稱所述具脫氮能力外也有菌株能產生抗菌物質PHB因此也可能有抗病原能力。
Bacillus subtilis就是大家熟悉的枯草桿菌，也是最被了解的革蘭氏陽性菌。這個物種分布很廣，從海洋到人類腸胃道都有，也有很多菌株被運用在水產養殖。
結論來說我是認為絕大多數的東西應該一樣不是廠商有意放入的，所以要嘛是污染要嘛就是一開始培養的時候就是直接在那邊煮大鍋飯。
3. Brightwell MB7 & Dr. Tim's Eco-Balance
MB7
Eco-balance
這兩款的共同點都是三種的Bacillus，而這三個物種都有菌株被運用在包含水產養殖在內益生菌用途上也相當容易商品化，因此他們確實可能是廠商的培養目標。
MB7中的OM43 clade Methylophilaceae確實有已知的海洋菌株，而這類群的細菌特點為他們運用一些單一碳原子有機化合物的能力。
Chaetoceros是角毛藻，我也不曉得這東西怎麼進來的，有可能是其他產品線甚至是缸水的污染。
Ruegeria也主要為海洋菌種，亦有菌株被發現存在於珊瑚共生微生物群中且有抑制一些病原的能力。
Eco-balance中的Serratia marcescens就是個比較尷尬的東西了。這種菌有許多已知的人類致病菌株，還有一些能造成珊瑚疾病，所以實在不是應該出現的東西。
Telegraham原本覺得第一次測到的時候覺得可能是自己用的時候污染，不過這次新買的再測還是有代表可能在生產過程就進去了。
4. KZ Cyano Clean
Lysinibacillus sphaericus又再次出現了，而且在這裡比例還相當高，不過我仍然想不太到什麼有理由把這東西放入產品內。
Rhodopseudomonas就是一般我們常叫的光合菌，有許多菌株都被運用在水產養殖或農業，也有已知的珊瑚共生菌株，所以這個我是覺得比較可能是刻意養的東西。
至於剩下四種則全都是人體或環境常見的東西，所以大概率也是污染。
個人看法：
1. 無論裡頭原本放入什麼菌，這些菌種產品本來就是營養豐富的基質了，因此就算廠商端沒污染，隨著你開開關關也有很高概率在過期前裡面就被狸貓換太子了。如果運氣好也許只是產品失效，運氣差可能直接養出病原菌，所以平時用這些東西時最好還是記得洗手然後盡量讓它們遠離食物或小孩。
2. 一個常規的穩定海水缸中絕大多數的菌種根本無法被人工分離培養，所以你在這些產品中也很少看到海水缸中的那些主要菌群。也因此我並不認為有辦法單靠市面上任何菌種產品就建立起穩定系統的菌相，絕大多數的微生物來源還是得靠活石、舊濾材、或生物等來帶入。
3. 這些測試結果也只是單一一瓶，而實際狀況下各種污染以及瓶內微生物增長的情形也有可能導致同一個產品但每個人買到的裡面根本都已經不是一樣的東西了。這也可能進一步造成產品的兩極評價，有些人認為效果正面；有些沒感覺；有些則可能加了後就倒缸了。
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