您的問題其實包含太多新手不懂的，可以分別搜尋了解一下各種區別
濾材方面要看您養的方向來決定多寡，跟使用什麼什麼種類
一般FO要省錢，則是放越多濾材以及珊瑚骨就好
混養就要拿捏一下濾材數量
SPS就可以連濾材都不放
蛋白好比24小時工作的掃地機器人，會比人掃來的輕鬆
常常換白棉可以放在第二格，不常換要放第一格，或者乾脆不放白棉
如果蛋白放在濾材之後，問題就很明顯了，濾材不可能天天換，天天洗，被濾材擋下來的贓汙就無法被蛋白移除了，所以蛋白要當第一，或者第二道守門員
馬達流量也要看飼養方向
FO是越大越好，混養則是有溫度要求，所以太大的馬達加溫明顯，除非不怕電費，冷水機也有準備
造流跟循環次數沒有相衝突，要看飼養方向跟造景擺放，或者可以利用多出水口來達成死角循環跟沖走污染
總之要先看飼養方向，才好下手設置規劃，畢竟FO.LPS.混養，SPS這4大類的方向都有差異，而且還不小，當然一開始可以不用那麼講究，大概抓對方向來買就可以了
濾材方面要看您養的方向來決定多寡，跟使用什麼什麼種類
一般FO要省錢，則是放越多濾材以及珊瑚骨就好
混養就要拿捏一下濾材數量
SPS就可以連濾材都不放
蛋白好比24小時工作的掃地機器人，會比人掃來的輕鬆
常常換白棉可以放在第二格，不常換要放第一格，或者乾脆不放白棉
如果蛋白放在濾材之後，問題就很明顯了，濾材不可能天天換，天天洗，被濾材擋下來的贓汙就無法被蛋白移除了，所以蛋白要當第一，或者第二道守門員
馬達流量也要看飼養方向
FO是越大越好，混養則是有溫度要求，所以太大的馬達加溫明顯，除非不怕電費，冷水機也有準備
造流跟循環次數沒有相衝突，要看飼養方向跟造景擺放，或者可以利用多出水口來達成死角循環跟沖走污染
總之要先看飼養方向，才好下手設置規劃，畢竟FO.LPS.混養，SPS這4大類的方向都有差異，而且還不小，當然一開始可以不用那麼講究，大概抓對方向來買就可以了
需要培養多少的菌叢，跟你飼養的方向有很大的關系，FO缸因為大量魚隻的排洩，這就需要大量的菌叢即時分解魚口的排瀉物NH3。
而硝化作用後所得到的高NO3、PO4，對魚隻來說並不會有立即性的傷害。所以一般FO缸並不會特別去降低NP這一塊。
飼養珊瑚類的LPS、SPS，對於高NP環境很敏感，特別是SPS，所以操作FO的方式就不適用在珊瑚缸，因為過高的NP會導致雜藻叢生搶食養份，珊瑚失去養份就會長得不好。
但珊瑚又需要一定的NP才能生長，此時如果過多的菌叢反而會讓水體中的養份消失怠盡，如此雜藻雖然沒了，但也一樣會讓LPS、SPS逐漸邁向死亡，
所以飼養珊瑚缸講究的是平衡，一但達到平衡點後，就要想辦法維持住這個平衡點，這是多數魚友追求的終極目標.....
操作手法說不難是騙人的，要麻花時間，要嘛花錢，最多魚友是花時間也花錢，給樓主一個思考的方向。
而硝化作用後所得到的高NO3、PO4，對魚隻來說並不會有立即性的傷害。所以一般FO缸並不會特別去降低NP這一塊。
飼養珊瑚類的LPS、SPS，對於高NP環境很敏感，特別是SPS，所以操作FO的方式就不適用在珊瑚缸，因為過高的NP會導致雜藻叢生搶食養份，珊瑚失去養份就會長得不好。
但珊瑚又需要一定的NP才能生長，此時如果過多的菌叢反而會讓水體中的養份消失怠盡，如此雜藻雖然沒了，但也一樣會讓LPS、SPS逐漸邁向死亡，
所以飼養珊瑚缸講究的是平衡，一但達到平衡點後，就要想辦法維持住這個平衡點，這是多數魚友追求的終極目標.....
操作手法說不難是騙人的，要麻花時間，要嘛花錢，最多魚友是花時間也花錢，給樓主一個思考的方向。
混養缸也得看你是什麼混什麼.... 魚口多還是珊瑚多?? 對你的魚缸來說，怎樣叫魚口多，怎樣叫珊瑚多?? 這都得思考進去。
說過了，操作的方向是如何取得平衡，這需要時間慢慢調整的。
照理說第一格通常會放濾袋、濾棉這類物理性過濾材，第二格會是去蛋白，培菌材應該放在最後一格。
理由是培菌材容易卡有機質、粉塵之類肉眼看得見的污染，擺在物理性過濾材、去蛋白之後，
如此可以先將大部份有機質、粉塵過濾掉，這樣可減少有機質卡在培菌材上的負擔，也可以延長培菌材的使用期限。
其中第一格過濾材跟第二格去蛋白可以交互對換看看效果如何，第一格放去蛋白也許可以減輕過濾材的負擔，照理說是可行。
只是我看許多大佬的底缸都是第一格放過濾材，中間放去蛋白，至於怎麼用就看個人習慣。
培菌材的選用，你可以多多在論談搜尋文章看看，目前我是使用沸石，效果.... 嗯.... 不保證。
建議一段時間後(例如半年或一年)替換一半新的培菌材(裝一袋)，舊培菌材留一半(另裝一袋)會比較理想。
不管你是選擇生化環、珊瑚骨、活石等培菌材，都得面臨卡有機質的命運。
