實際在玩家的缸內當然可能還有其他變因，但這並不是不進行實驗的理由，因為如果連“在特定情境下使用該產品與不使用會有顯著差異”這樣的結果都給不出的話就真的是完全的偽科學了。
紅泥我倒是還沒深入玩過，但鼻涕藻的話我應該是可以用重複性挺高的方法來促使其爆發，要辨認種類的話也是能透過DNA barcoding達到至少屬的層級，之後有空的話我再來看看能不能設計出個比較嚴謹一點的正規實驗吧。
這也是一個世紀前愛因斯坦的夢想，不過現今的實驗證據也還是不太明朗，更別說是生物學領域了。
[分享]市售菌種菌相測試結果
- 主題發起人 jeremie
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紅泥我倒是還沒深入玩過，但鼻涕藻的話我應該是可以用重複性挺高的方法來促使其爆發，要辨認種類的話也是能透過DNA barcoding達到至少屬的層級，之後有空的話我再來看看能不能設計出個比較嚴謹一點的正規實驗吧。
Peterliu0801
🏆🏆🏅🏅
確實阿, 實驗我相信也很多人跟廠商有做啦.
但站在玩家而非科學家的角度, 其實更在意的是自己的缸子怎麼處理, 所以才會產生出很多都是根據玩家經驗總結出來的操作方式.
畢竟, 特定情境下這個前提就不是正常魚缸能控制的. 但科學要進步就是一步步來這就交給廠商或是實驗室慢慢研究囉.
紅泥跟鼻涕, 要能促使其爆發某程度來說還真的不難. 而且也算蠻常一起發生的.
但如同之前提到的, 除非是治標, 也就是使用直接作用在菌藻本身的藥物(抗生素).
不然根據其發生原因要治的本, 常常是不同的. 所以如果要設計實驗的時候還得考慮要測試的東西是什麼.
ex: A說加入硝化菌可以治鼻涕. 他實作也有效果. 但可能原因是其np過高, or 有機過高. 加入硝化菌菌種等等之後缸況進步了. 紅泥鼻涕消失. 同一做法(加入硝化菌之操作), 在實驗設計上可能得出完全相反的結論. (畢竟其實作用的機制是處理np而不是直接針對鼻涕)
以上舉例只是舉例, 內容不一定正確~但我認為在設計實驗的時候這種東西是很難考慮進去的.
當然如果測試的產品是"殺死"菌藻(鼻涕) 的話, 那當然是很好設計.(但這種東西通常加在玩家的魚缸哩, 就不只是殺死鼻涕而已了)
提供一點之後你設計實驗的思路~雖然我覺得難度很高~但就靠大大研究了~
期待也不期待~ 期待90%解謎的那天, 海缸門檻可以完美降低成為顯學.
不期待的地方是~當那天來臨, 挑戰驟降, 是不是就該換個興趣了~哈哈哈 (就像玩淡水草缸, 現在幾乎人人都可以玩到草類瘋長)
果然人還是喜歡有挑戰性的事物(找虐?)
coubala
🏆🏅🏅🏅
當時看到希瓦氏菌的分享，就有想過這個做法，到現在國外終於有人做了，蠻希望有人做國產的希瓦氏菌https://www.ph84.idv.tw/forum/threads/240495/
直接做次世代定序主要的問題是真的蠻花錢的，尤其當樣本數不大的時候。
如果能湊到上百個樣本的話是可以壓到一個樣本幾千塊，但只有幾十個樣本的話一個樣本通常要破萬，所以如果沒有像AquaBiomics這類公司的話一般玩家比較難直接看菌相。
另一個方法是直接把菌種產品塗到培養基上看到底會長出什麼。
用塗盤分離的好處是能確保篩出來的東西真的是健康的活菌(才長的起來)，但缺點是裡頭的菌也有可能剛好不太喜歡你選的培養基所以沒長起來。
我應該也會先嘗試用Marine agar之類的廣用型海洋異營菌培養基來塗幾款看會長出啥然後選幾個菌落送定序。
若是希瓦氏菌這類理應全都是同一種東西的產品我認為也比較適合先塗盤，至少能確認一下裡頭有沒有其他雜菌。
最後編輯：
稍微更新一些資訊
https://humble.fish/community/threads/bottled-bacteria-results-zeobak.20941/page-2#post-441841
AquaBiomics的老闆後來有針對Zeobak的結果做了一些勘誤。肺炎鏈球菌的部分應該修正為某種Bacillus(芽孢桿菌)，其錯誤名稱是來自原始資料庫的誤植。因此實際上該序列應屬於B. cereus, B. thuringiensis, B. anthracis, 或 B. mycoides這四個物種其中之一。
另外他也補充了Stenotrophomonas的序列可能會屬於S. maltophilia, S. acidaminiphila, S. nitritireducens, 或S. pictorum這四個物種其中之一。
此外我自己後來也買了三罐Zeobak來抽DNA看之後有沒有機會偷渡到其他樣本裡面一起定序，由左至右我分別表為ABC。
有趣的是當我把各別三罐都盡可能搖勻取出同樣體積(幾乎是整罐了)以15000g離心分離細菌時發現在A罐中離出來的沉積菌塊顯著比另外兩罐大顆。
而再把菌塊抽DNA後A罐等體積下的DNA量也的確遠高於另外兩罐，也就是說光是菌量就可能不太一樣了。(DNA濃度：A=＞654.3 ng/µL; B=＞20.3 ng/µL; C=＞14.8 ng/µL)
A菌塊
B菌塊
C菌塊
最後再補充一下有人後來測試Aquaforest Life Source泥巴的測試結果
https://humble.fish/community/threads/bottled-bacteria-results-main-thread.20944/page-9#post-445683
菌相結果發現了相當高的多樣性，且也包含到了數種的硝化微生物(氨氧化和亞硝酸根氧化的種類都有)。
此外，這個結果也沒有發現任何潛在病原，裡頭很多的類群也都確實是會在海洋或一般海水缸環境中出現的東西。
https://humble.fish/community/threads/bottled-bacteria-results-zeobak.20941/page-2#post-441841
AquaBiomics的老闆後來有針對Zeobak的結果做了一些勘誤。肺炎鏈球菌的部分應該修正為某種Bacillus(芽孢桿菌)，其錯誤名稱是來自原始資料庫的誤植。因此實際上該序列應屬於B. cereus, B. thuringiensis, B. anthracis, 或 B. mycoides這四個物種其中之一。
另外他也補充了Stenotrophomonas的序列可能會屬於S. maltophilia, S. acidaminiphila, S. nitritireducens, 或S. pictorum這四個物種其中之一。
此外我自己後來也買了三罐Zeobak來抽DNA看之後有沒有機會偷渡到其他樣本裡面一起定序，由左至右我分別表為ABC。
有趣的是當我把各別三罐都盡可能搖勻取出同樣體積(幾乎是整罐了)以15000g離心分離細菌時發現在A罐中離出來的沉積菌塊顯著比另外兩罐大顆。
而再把菌塊抽DNA後A罐等體積下的DNA量也的確遠高於另外兩罐，也就是說光是菌量就可能不太一樣了。(DNA濃度：A=＞654.3 ng/µL; B=＞20.3 ng/µL; C=＞14.8 ng/µL)
A菌塊
B菌塊
C菌塊
最後再補充一下有人後來測試Aquaforest Life Source泥巴的測試結果
https://humble.fish/community/threads/bottled-bacteria-results-main-thread.20944/page-9#post-445683
菌相結果發現了相當高的多樣性，且也包含到了數種的硝化微生物(氨氧化和亞硝酸根氧化的種類都有)。
此外，這個結果也沒有發現任何潛在病原，裡頭很多的類群也都確實是會在海洋或一般海水缸環境中出現的東西。
最後編輯：
Peterliu0801
🏆🏆🏅🏅
老實說我本來看完那個實驗也覺得怪怪的右邊那兩瓶 ,沒看錯的話,是我們進口的.
所以依上面述說的測試以及提供相關的網址給KZ老闆
KZ老闆給我的回饋
用離心機旋出來剩下的就能當菌量總覺得怪怪的。有點太土法煉鋼的感覺。
應該取固定量的液體多幾組去做顯微鏡觀察搭配機器運算模組算單位面積下菌量數取幾組平均之後比較合適。
不過畢竟不是這方面的專家。
如果有相關的論文可以參考就最好了，這種感覺醫學跟生物科學上應該常常用到才對。
我是想說 ,是不是他們賣給我的東西有問題,所以發email 問他們(因為我購買的量也不少).. 不過KZ老闆最近應該獲得很多類似訊息.
Peterliu0801
🏆🏆🏅🏅
隨手查了一下，發現我研究所理解的東西還算沒白學？雖然不同領域。下面的OD法似乎跟我說的方法雷同。
Search by keyin keywords : robust bacteria counting method.
There are multiple methods for counting bacteria, including:
- Colony Forming Units (CFU)
This method is a gold standard for counting bacteria and is considered the most widely used. It involves plating diluted samples on agar dishes and counting the number of colonies that grow. CFU is considered the gold standard because it only counts viable bacteria and can be used to count any number of bacteria. However, it can be time-consuming and tedious, and clumps of bacteria can be miscounted as individual colonies.
- Optical density (OD)
This method is commonly used to estimate the number of cells in a liquid suspension. It involves measuring the optical density at a wavelength of 600 nm (OD600). OD is a popular method because it is fast, inexpensive, simple, and can be automated. However, it doesn't differentiate between viable and non-viable cells.
- Resazurin-Amplified Picoarray Detection (RAPiD)
This method uses a microfluidic device to detect single bacteria. It involves loading a sample into the device, adding a fluorescent dye, and then using fluorescence microscopy to count the microcolonies that form.
- Laser particle counter
This method uses a laser beam to count small particles by measuring how much light they absorb. It can detect the total number of particles per mL in a sample, but it doesn't differentiate between viable and non-viable cells.
右邊那兩瓶 ,沒看錯的話,是我們進口的.
所以依上面述說的測試以及提供相關的網址給KZ老闆
KZ老闆給我的回饋
感謝幫忙詢問。
話說原廠有沒有遇過不當保存或過期的案例呢？
也有可能你們的那兩罐才是應有的狀況，而另外一罐才是不正常的。
離心確實並非用來比對細菌數量的方法，因為我原本也沒打算看菌量，只是沒想到在這部分就有明顯的差異了。
雖然並非用來定量，但離心本身的確是從菌液中分離細胞抽取DNA時常用的手段。而這次在同條件下光是離出的成分有如此大的差異也讓我很難相信內容物會是一致的。
至於實際定量的話，吸光值要測我是可以再去借一下設備；至於CFU計量我雖然是可以塗盤試試，但後來想到也許裡頭的菌不見得能長到使用得培養基上，所以也暫時擱置還沒弄。
Peterliu0801
🏆🏆🏅🏅
有實驗跟文章還是讚啊～
反正在這個資訊爆炸的年代，要怎麼萃取精華跟納為己用本來就是現代人需要學習的。
之前會懷疑主要是離心的方式應該都把東西旋死了，裡面除了DNA應該還會包含一些副產物吧。
