硝化系統共分為三階段,第一階段是將氨轉化為亞硝酸鹽,第二階段將亞硝酸鹽轉化為硝酸鹽,此時水會較為清澈透明,僅看得見濾材未能濾除的雜質,第三階段為硝酸鹽還原成氮氣和氧氣排回大氣,這需要較長的時間培養厭氧菌,現在放貝類無妨,因為貝類會濾食硝酸鹽.磷酸鹽,放軟體,海葵,只要硝酸鹽不太高也行,但是要記得加微量元素,尤其是碘,因為水中的碘非常不穩定,通常一天之內就消耗殆盡,而你已養水多天,微量元素應該都不足了,另外,碘更是海水生物的救命元素,新軟體,新魚入缸會提高存活率,(我都用Tropic Marin海洋生化碘,如果你要用同一品牌,因為你的二尺缸水量較少,記得稀釋後依比例加,它一滴就能對200公升,例80公升水量,碘一滴稀釋為10c.c,加4c.c就好,其餘倒掉,雖浪費但過量會好菌壞菌殺光光),餵食液體飼料,勿衛生魚肉,蝦肉,至於濾材,建議用高級一點,菌種一樣,高級一點,畢竟使用得當,濾材可用多年也能培養更多菌,而好菌種可確保硝化系統正常運作,維持水質穩定.放魚的事等缸中僅有高等藻類(如活石上的紅色鈣藻和買來的大型藻類),沒有褐藻,代表硝化還原系統已初步建立後再放.